พิพิธภัณฑ์ศิลปะเนกาเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 1982 โดย ดร. Daoed Joesoef รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการและวัฒนธรรม ท่ามกลางการระบาดของโควิด-19 ที่กินเวลาตั้งแต่ต้นปี 2020 ถึงปลายปี 2021 พิพิธภัณฑ์ศิลปะเนกาได้มีส่วนช่วยอย่างมากในการปรับปรุง โดยได้ปรับปรุงอาคารเก่าและสร้างอาคารใหม่เพื่อตกแต่งนิทรรศการถาวรและจัดนิทรรศการชั่วคราว รวมถึงเพิ่มสิ่งอำนวยความสะดวก เช่น เวิร์กชอปศิลปะ คาเฟ่ศิลปะ การแสดงศิลปะ เพื่อขับเคลื่อนเศรษฐกิจสร้างสรรค์ คอลเลกชันถาวรได้รับการจัดระเบียบใหม่ และมีการนำระบบเทคโนโลยีใหม่มาใช้เพื่อให้ข้อมูลเกี่ยวกับงานศิลปะแต่ละชิ้นที่จัดแสดง โดยมีเป้าหมายเพื่ออำนวยความสะดวกในการชื่นชมงานศิลปะ